第三章 审除细惑、开示三如来藏 第一节 陈述二深疑
第三章 审除细惑、开示三如来藏
第一节 陈述二深疑
【尔时富楼那弥多罗尼子在大众中，即从座起，偏袒右肩，右膝着地，合掌恭敬而白佛言：“大威德世尊，善为众生敷演如来第一义谛。”】
【注释】
“富楼那弥多罗尼子”：佛十大弟子中说法第一（论义第一）。其名之义为满慈子，以其母之名为“满慈”，满慈之子，故名为满慈子。（古印度人多以母名为名，例如舍利子亦然。）
“大威德”：“威”，以能折伏一切故有威；“德”，以能摄受一切众生故称德。佛之威德无上，故称“大”。密教中有一尊明王称为大威德明王，为西方阿弥陀如来之明王，是为五大明王之一。
【义贯】 本节从略。
【“世尊常推说法人中，我为第一。今闻如来微妙法音，犹如聋人，逾百步外聆于蚊蚋，本所不见，何况得闻？佛虽宣明，令我除惑，今犹未详斯义究竟无疑惑地。世尊，如阿难辈，虽则开悟，习漏未除。我等会中登无漏者，虽尽诸漏，今闻如来所说法音，尚纡疑悔。”】
【注释】
“犹如聋人，逾百步外聆于蚊蚋”：“聋人”，喻二乘人。此意为：聋人于近处尚且听不到，更何况于百步之外。“百步外”，喻二乘人距离第一谛实理之远。“蚊蚋（ruì）”，喻如来藏深理，以其理甚为深密，非凡外权小所能觉知，故以为喻。
“如阿难辈，虽则开悟，习漏未除”：“习”，习气。“漏”，烦恼。富楼那之义为：阿难等人之悟，不是真悟；此盖二乘人执法为实，并我相昭然，且不知悟有深浅，以及初悟、究竟悟等之别。
“尚纡疑悔”：“纡”，绕。谓其心中之疑悔，仍纡绕不去。“疑”是指对今日所闻的大乘法生疑；“悔”，则是对昔日所爱念之小乘法生悔。以其心于实谛及权教之间尚未融通，故有此障难。
【义贯】
“世尊常推”许“说法人”之“中”以“我为第一”。然而我“今”听“闻如来”所开示的精“微”奥“妙”之“法音”，我则“犹如聋”耳之“人”，于“逾百步外”之处“聆”听“于蚊蚋”之声；如来藏之深理，对我而言，“本所不见，何况得闻？佛虽”已“宣明”万法即藏性，诸大圆融遍满之义，“令我除”去执心外实有之“惑”，然而我“今犹未详”解“斯义”之“究竟”，而至于“无疑惑”之境“地。世尊，如阿难辈”，闻佛妙示之后，“虽则”已顿“开悟”妙心，然其“习”气诸“漏未除”。反之，“我等”在此“会中”之已“登无漏者，虽”已“尽诸漏”，然“今闻如来所说”第一义谛微妙之“法音”，心中“尚纡”绕着“疑、悔”，萦怀不去。
1． 如来藏本净，为何有为迁流？
【世尊，若复世间一切根、尘、阴、处、界等，皆如来藏，清净本然，云何忽生山河大地，诸有为相？次第迁流，终而复始？】
【注释】
“云何忽生山河大地，诸有为相？”：既然一切法皆是如来藏，清净本然，那么为何还会忽然生出众生依报之山河大地，及正报的种种有为染相。以依二乘之眼观之，世间一切依正皆是染污相故。
“次第迁流，终而复始”：这一切有情界、无情界，不但其相染污，而且还不断地在成住坏空、生老病死之中，依次第而迁流不断，生灭不已；这是什么道理？岂不有违如来藏清净之理？
【义贯】
“世尊”，（我对以下的事还是有疑惑：）“若复”言“世间”中“一切”五“根”、六“尘”、五“阴”、十二“处”、十八“界等”一切诸法“皆”是“如来藏”之自体，各各“清净”，从“本”而“然，云何”还会“忽”然又“生”起众生依报之“山河大地”，及正报之“诸有为”染污之“相”？且此诸染法皆“次第”而“迁流”生灭不居，“终而复始”循环往复呢？
2． 五大如何周遍圆融
【“又如来说：地、水、火、风本性圆融，周遍法界，湛然常住。世尊，若地性遍，云何容水？水性周遍，火则不生；复云何明水火二性俱遍虚空，不相陵灭？世尊，地性障碍，空性虚通，云何二俱周遍法界？而我不知是义攸往。
惟愿如来宣流大慈，开我迷云，及诸大众。”作是语已，五体投地，钦渴如来无上慈诲。”】
【注释】
“若地性遍，云何容水”：如果说地大之性是遍一切处，则法界中为何还会有空间来容纳水大呢？
“复云何明水火二性俱遍虚空，不相陵灭”：水火之性既不相容，又怎么说明：若水大与火大两者都同时周遍法界虚空时，为何不会彼此互相陵夺，终致二俱消灭呢？
“而我不知是义攸往”：“攸”，所。“住”，归，趋。而我实在不知此理之所归趣。亦即，我实在不懂这是何道理。
【义贯】
“又如来说”：一切能造的四大“地、水、火、风”之“本性”各自“圆”满互相“融”摄不碍，其体则“周遍”十方“法界”且“湛然常住”，不生不灭。
“世尊，若地”大之“性”是“遍”一切处，则法界中“云何”还有空间可以“容水”？同样地，若“水”大之“性”真是“周遍”法界的话，“火”大“则不”能“生”起。再者，水火之性既不相容，“复云何”说“明水火二性”如何能“俱”周“遍虚空”而“不”互“相陵”夺，以致二皆消“灭”呢？
“世尊”，又，“地”大之“性”为“障碍”，而“空”之“性”则为“虚通”，两者之性也是相冲突的，“云何”此“二”大能“俱周遍法界”呢？“而我”实“不知是义”理之“攸往”（究何所指）。
“惟愿如来”开“宣流”布“大慈，开”解“我”心中之“迷云，及诸大众”之疑惑。
“作是语已，五体投地，钦”慕“渴”仰“如来”之“无上慈”悲教“诲”。